La stazione è costituita da due binari in due canne distinte con la banchina centrale e la sua profondità tra il piano ferro ed il piano campagna è di circa 18 metri.

Anche la stazione Museo è inserita nel sistema della “Stazioni dell’Arte” a cura di Achille Bonito Oliva, infatti al suo interno, risiedo le riproduzioni della statua in vetroresina, opera dell’Accademia di Belle Arti, dell’Ercole Farnese ed il calco in bronzo della testa del cavallo “Carafa”.

Il corridoio attrezzato di collegamento con la linea 2 della metropolitana diventa galleria di quattro fotografi napoletani: Antonio Biasiucci, Luciano D’Alessandro, Fabio Donato e Raffaela Mariniello.

L’architettura di stazione si inserisce tra il grande edificio monumentale del Museo Archeologico e la cortina storica ottocentesca dell’intorno dello spazio urbano. 

Predominante è il colore rosso pompeiano degli intonaci che amalgama le superfici dell’architettura contemporanea in un unico omogeneo continuum con le facciate storiche al contorno.

Il corridoio di collegamento tra la stazione ed il Museo Archeologico, all’entrata, ospita una riproduzione in bronzo del Lacoonte. Dietro la scultura vi sono delle foto di Mimmo Jodice che sono degli ingrandimenti di particolare della statua stessa.

Il viaggio nel mondo antico, messaggio che si vuole dare ai passeggeri, continua entrando sul lato destro, del suddetto corridoio che porta al piano biglietteria della stazione, con l’opera di Mimmo Jodice, Anamnesi, e con le foto delle sculture provenienti da Ercolano e la Villa dei Papiri, Danzatrici e gli Atleti, statue esposte nell’adiacente museo.

Inoltre dal suddetto corridoio di collegamento è presente, sul lato opposto all’ingresso stazione, un ambiente museale “Stazione Neapolis”, inaugurato il 22 marzo 2005, dove sono esposti parte dei ritrovamenti archeologici rinvenuti durante gli scavi delle stazioni di Toledo, Municipio, Università e Duomo.